La Fédération est administrée par un Conseil d’Administration composé d’administrateurs 1er et 2ème collège élus des associations locales. Elle est au service des associations qui contrôlent sa politique et sa gestion lors de l’assemblée générale annuelle.
Certaines commissions sont statutaires : la commission du personnel, la commission de concertation, la commission de révision. D’autres, facultatives, sont créées par le Conseil d’Administration. Présidées et animées par un administrateur, elles étudient des thèmes en fonction de leurs spécificités et sont une force de propositions auprès du Bureau qui donne son avis sur celles-ci et sont ensuite présentées au Conseil d’Administration pour validation ou non.